Um agregado pode não aparecer na lista de conjuntos de uma instrução UPDATE. Se atualizar com nomes de coluna

DECLARE @Result Decimal(18, 0)
SET @Result = ROUND(SUM(DATEDIFF(ss,'2014-05-15 00:23:04.580','2014-05-15 00:25:04.580') / 60.0 / 60.0), 2)

update CheckInCheckOut 
set CountHours= @Result
where UserId_Fk=3