O artigo "Fazendo alterações de esquema em bancos de dados de publicação" deve cobrir a maior parte do que você precisa saber. Ao contrário das versões mais antigas do SQL Server, você deve ser capaz de fazer as alterações de DDL (supondo que não tenha desdefinido os padrões de replicação).

Como o artigo menciona, você não poderá usar o SSMS para fazer essas alterações.