Os scripts criados no bin sugerem que as propriedades diferentes do nome do arquivo lógico, nome do arquivo físico e grupo de arquivos de destino sejam realmente ignoradas. Eventualmente, resolvi esse problema adicionando um script de pós-implantação. Para fazer isso, clique com o botão direito do mouse no projeto de banco de dados e escolha Adicionar -> Novo item -> Scripts de usuário -> Script de pós-implantação . Neste script você pode modificar o banco de dados da maneira que quiser, neste caso altere as propriedades do arquivo com:
ALTER DATABASE [$(DatabaseName)]
MODIFY FILE
(
NAME = [SqlFile1],
SIZE = 5000MB,
MAXSIZE = UNLIMITED,
FILEGROWTH = 50%
)