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por que não consigo acessar meu CTE depois de usá-lo uma vez?


No seu código de exemplo, o CTE persiste apenas para o UPDATE. Se você precisar que dure mais, considere preencher um #tempTable ou @tableVariable com ele e, em seguida, UPDATE e DELETE deles.

Você também pode aumentar sua ATUALIZAÇÃO para usar uma OUTPUT cláusula, como a seguir, para que você possa capturar as linhas afetadas. E use-os no DELETE, como aqui:
set nocount on
DECLARE @Table     table (PK int, col1 varchar(5))
DECLARE @SavedPks  table (PK int)

INSERT INTO @Table VALUES (1,'g')
INSERT INTO @Table VALUES (2,'g')
INSERT INTO @Table VALUES (3,'g')
INSERT INTO @Table VALUES (4,'g')
INSERT INTO @Table VALUES (5,'x')
INSERT INTO @Table VALUES (6,'x')
set nocount off

;WITH MYCTE
AS 
(
  SELECT PK, col1 FROM @Table
)
UPDATE MYCTE
    SET col1='xyz'
    OUTPUT INSERTED.PK
        INTO @SavedPks
    WHERE col1='g'

SELECT 'A',* FROM @Table

DELETE @Table
    WHERE PK IN (SELECT PK  from @SavedPks)

SELECT 'B',* FROM @Table

RESULTADO:
(4 row(s) affected)
     PK          col1
---- ----------- -----
A    1           xyz
A    2           xyz
A    3           xyz
A    4           xyz
A    5           x
A    6           x

(6 row(s) affected)

(4 row(s) affected)

     PK          col1
---- ----------- -----
B    5           x
B    6           x

(2 row(s) affected)