Os dados podem ser comparados somente se você souber quais registros das tabelas devem ser comparados. O comparador usa o PK para saber quais registros comparar. Se sua tabela não tiver um PK (ou pelo menos um índice exclusivo), ela estará ausente da lista de tabelas.
Você pode resolvê-lo criando um PK você mesmo (apenas para comparação)
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Um colega de trabalho passou por um momento difícil recentemente devido a alguém explícito excluindo algumas tabelas do projeto de comparação e submetendo-o ao git. Portanto, verifique se não é um projeto novo.
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Recentemente, fui encarregado de comparar tabelas sem PK e encontrei HASHBYTES para ser um novo amigo, também não há linhas únicas nas tabelas e para resolver usei ROW_NUMBER com PARTITION, veja abaixo trecho.
SELECT Row_number()
OVER (
partition BY [hashid]
ORDER BY [hashid]) AS RowNumber,
*
INTO [dbo].[mytable_temp]
FROM (SELECT Hashbytes('SHA2_512', (SELECT x.*
FOR xml raw)) AS [HASHID],
*
FROM [dbo].[mytable] AS x) AS y
go
ALTER TABLE [dbo].[mytable_temp]
ALTER COLUMN [hashid] VARBINARY(900) NOT NULL
ALTER TABLE [dbo].[mytable_temp]
ALTER COLUMN [rownumber] BIGINT NOT NULL
go
ALTER TABLE [dbo].[mytable_temp]
ADD CONSTRAINT pk_id PRIMARY KEY ([hashid], [rownumber])
go
Dessa forma posso criar PK com base em um hash calculado com todo o conteúdo da linha.
Obs:. Observe que estou comparando
MyTable_TEMP e não MyTable . assim posso deixá-lo intacto. 
