Como formatar a hora de dd:hh:mm:ss para apenas hh:mm:ss no SQL Server?

Você pode fazer isso com matemática

DECLARE @sec INT = 93600

SELECT
    CONVERT(VARCHAR(10), (@sec / 3600)) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), ((@sec % 3600) / 60)), 2) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), (@sec % 60)), 2)

Escrito como uma função:

CREATE FUNCTION udfTimeSpanFromSeconds(
    @sec INT
)
RETURNS VARCHAR(15)
AS
BEGIN
RETURN 
    CONVERT(VARCHAR(10), (@sec / 3600)) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), ((@sec % 3600) / 60)), 2) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), (@sec % 60)), 2)
END

Exemplo de chamada:

SELECT dbo.udfTimeSpanFromSeconds(360000)

RESULTADO:

100:00:00