Não é o melhor tópico que já vi sobre o assunto, mas há bons links dentro e está no meu histórico de postagens:

Consulta SQL que funciona bem no SSMS é muito lenta no ASP.NET

O SQL Optimizer às vezes gosta de decidir o que é melhor e você terá que quebrar sua consulta por meio de algum rastreamento e registro de planos de execução de dados. Pode muito bem ser algo tão enterrado quanto um índice ruim ou seu código de consulta pode precisar de otimização. Visto que não temos o código de consulta, e tê-lo pode ou não ser útil. Eu recomendo que você siga os guias vinculados no post acima e feche sua pergunta.