Só queria compartilhar com vocês que encontrei a solução!
As EntityFunctions nos fornecem TruncateTime(), que pode ser usado para esta finalidade.
from e in MyContext.MyTable.Where(a =>
EntityFunctions.TruncateTime(a.DateTimeColumn) ==
EntityFunctions.TruncateTime(DateTime.Now)) select e;
EDITAR: Para EntityFramework 6 e superior:
from e in MyContext.MyTable.Where(a =>
DbFunctions.TruncateTime(a.DateTimeColumn) ==
DbFunctions.TruncateTime(DateTime.Now)) select e;
Encontrei aqui .
