A instância padrão, por padrão, escutará em tcp/1433. Ele também poderia ouvir em um pipe nomeado (tcp/445) - mas acho que isso deve ser explicitamente ativado nos dias de hoje.
Instâncias nomeadas, como SQLEXPRESS, escutam em uma porta dinâmica. A porta dinâmica é resolvida pelo cliente por meio do SQL Server Resolution Protocol (também conhecido como SQL Browser) - que escuta em udp/1434. Essa porta dinâmica é escolhida na primeira inicialização e geralmente permanecerá a mesma por meio de reinicializações futuras (armazenadas no Registro) - mas se houver uma contenção, o SQL escolherá uma nova porta.
Você pode, e geralmente deve, configurar todos instâncias de um servidor SQL de produção para usar uma porta estática. Isso torna o firewall muito mais fácil.
A única razão pela qual você precisa colocar a instância nomeada em, digamos, uma string de conexão é para que o cliente saiba pedir ao SSRP a porta dinâmica. Se for uma porta estática ou conhecida, você pode simplesmente apontar o cliente para
Server=server.com:port
, deixando de fora o nome da instância.