MERGE geralmente é mais rápido porque há menos operações DML e também é a abordagem recomendada na documentação. Com a maneira "tradicional", você está processando as tabelas duas vezes - uma para verificar a existência e outra para executar sua DML. Com MERGE, tudo é encapsulado com uma operação - portanto, um conjunto de bloqueios emitidos, um conjunto de log, etc. etc.

No entanto, é bastante subjetivo o que suas consultas estão realmente fazendo. Você provavelmente deveria dar uma olhada em Otimizando o desempenho da declaração MERGE> no MSDN.