Recentemente tive o mesmo problema, fiz o seguinte:

Digamos que você baixou o arquivo SQLServer2008R2SP1-KB2528583-x86-ENU file para obter o SQL 2008 R2 e não aceitará a pasta que você escolher. Ele está procurando os arquivos AKA da mídia de instalação para instalar a opção escolhida, por exemplo. Atualize ou instale.

Clique com o botão direito no arquivo SQLServer2008R2SP1-KB2528583-x86-ENU, clique em extrair arquivos (opções winrar). Isso extrairá o arquivo de instalação, fornecendo todos os arquivos compactados.

Quando a Central de Instalação do SQL 2008 R2 pedir para você escolher a pasta, selecione a pasta extraída com todos os arquivos... problema resolvido!