mostra espaços em branco para valores repetidos em um conjunto de resultados

Envolva sua consulta existente no CTE adicionando ROW_NUMBER OVER PARTITION BY suas colunas, que criarão RNs para cada grupo de valores. Na consulta externa apenas use CASE para selecionar valores onde GRP_RN =1 e string vazia caso contrário.

WITH CTE AS 
(
    Select  distinct top 100000 
        o.EventSetName,       
        o.EventSetDisplay,
        o.EventSetDescription,
        o.ChildSetName,
        ROW_NUMBER() Over (Order By f.ChildSetName) RN,
        f.DocumentDispSequence,
        f.SectionDispSequence,
        o.ObsSetDispSequence,
        null  as NullColumnNeedsName,
        ROW_NUMBER() OVER (PARTITION BY o.EventSetName, o.EventSetDisplay,o.EventSetDescription ORDER BY f.ChildSetName) GRP_RN
    From   ##ObsSetLevel o,
    INNER JOIN ##Final f ON f.ChildSetName = o.EventSetName and o.EventSetName = @variableName
)
SELECT
    CASE WHEN GRP_RN = 1 THEN o.EventSetName ELSE '' AS EventSetName,
    CASE WHEN GRP_RN = 1 THEN o.EventSetDisplay ELSE '' AS EventSetDisplay,
    CASE WHEN GRP_RN = 1 THEN o.EventSetDescription ELSE '' AS EventSetDescription,
    other columns
FROM CTE  
Order By RN asc, DocumentDispSequence asc, SectionDispSequence asc, o.ObsSetDispSequence asc

PS:Também corrigi seu uso de junções de estilo antigo. Esse uso está desatualizado há mais de 20 anos com a introdução dos padrões SQL-92. Você deve evitar usá-los.