Meu melhor palpite é que isso não é um bug, mas um recurso do Sql 2012.;-)Em outros contextos, você ficaria feliz em manter seus cr-lfs, como ao copiar um grande pedaço de texto. É só que não funciona bem na sua situação.
Você sempre pode tirá-los em seu select. Isso faria sua consulta como você pretende em ambas as versões:
select REPLACE(col, CHAR(13) + CHAR(10), ', ') from table
