Você precisa editar manualmente o edmx xml e definir seus atributos SSDL StoreGeneratedPattern como identity ou computed. Mas sempre que você atualizar seu edmx por meio do designer, suas alterações serão substituídas.

Este é um problema conhecido. Por favor, veja os seguintes links para mais detalhes:

Tíquete do Microsoft Connect

Usar um GUID como EntityKey no Entity Framework 4