Percebi alguns problemas com o SQL Server Resolution Protocol (ou o SQL Server Browser) das funções de trabalho do Azure ao conectar-se a instâncias externas do SQL Server não Azure executadas em portas diferentes de 1433. Nesses casos, pode ajudar a especificar explicitamente o Porta TCP da instância na string de conexão:
Data Source={domain/ip},{port};
Network Library=DBMSSOCN;
Initial Catalog={dbname};
User ID={user};
Password={pw}
Consulte também Conectar do Azure a uma instância nomeada do SQL Server
