Consulte o link a seguir para obter detalhes de como fazer isso:

Iniciar e interromper um agente de replicação

O artigo acima não parece fornecer informações sobre como interromper o agente de distribuição, isso pode ser feito usando os procs armazenados detalhados no link abaixo:

Iniciar/parar o SQL Server Replication Agent usando TSQL