SQL Server JOIN faltando valores NULL

Você pode ser explícito sobre as junções:

SELECT Table1.Col1, Table1.Col2, Table1.Col3, Table2.Col4
FROM Table1 INNER JOIN
     Table2
      ON (Table1.Col1 = Table2.Col1 or Table1.Col1 is NULL and Table2.Col1 is NULL) AND
         (Table1.Col2 = Table2.Col2 or Table1.Col2 is NULL and Table2.Col2 is NULL)

Na prática, seria mais provável que eu usasse coalesce() na condição de junção:

SELECT Table1.Col1, Table1.Col2, Table1.Col3, Table2.Col4
FROM Table1 INNER JOIN
     Table2
     ON (coalesce(Table1.Col1, '') = coalesce(Table2.Col1, '')) AND
        (coalesce(Table1.Col2, '') = coalesce(Table2.Col2, ''))

Onde '' seria um valor que não está em nenhuma das tabelas.

Apenas uma palavra de cautela. Na maioria dos bancos de dados, usar qualquer uma dessas construções impede o uso de índices.