Você pode usar SSL com SQL Server (Instruções 2000/2005 / Instruções de 2008 ) e, em seguida, force a criptografia do protocolo na conexão entre as duas máquinas. Você também não precisa usar um certificado SSL adquirido, você pode usar o Windows Server Certificate Services para gerar um - no entanto, se você fizer isso, a CRL deverá estar em uma máquina à qual ambos os servidores possam se conectar. Uma maneira fácil de fazer isso é instalar os Serviços de Certificado em uma máquina autônoma, talvez apenas uma VM e a configuração para incorporar um nome DNS público para sua CRL . Isso não precisa ser uma máquina executando Serviços de Certificados, apenas algo que você possui e pode carregar. Então você pode gerar os certificados e publicar a CRL e tada, tudo feito.
Você precisará garantir que o SQL da conta de serviço esteja sendo executado conforme acesso à chave privada do certificado que está usando.