Primeiro você precisa criar uma migração.
Add-Migration RunSqlScript
Em seguida, no arquivo de migração gerado, você pode escrever seu SQL.
// PLAIN SQL
Sql("UPDATE dbo.Table SET Created = GETDATE()");
// FROM FILE
var sqlFile = Path.Combine(AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory, @"Custom.sql");
Sql(File.ReadAllText(sqlFile));
Então você corre
Update-Database