Isso pode não ser o mais eficiente, mas eu criaria uma tabela temporária para armazenar os resultados do proc armazenado e usaria isso em uma junção na tabela de destino. Por exemplo:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t