No SQL 2005, você pode usar exibições de gerenciamento para localizar consultas de execução lenta. Um bom script que encontrei há algum tempo sobre o desempenho do SQL Server ajudará você a começar; ele lista os dados com o desempenho mais lento primeiro.
SELECT creation_time
,last_execution_time
,total_physical_reads
,total_logical_reads
,total_logical_writes
, execution_count
, total_worker_time
, total_elapsed_time
, total_elapsed_time / execution_count avg_elapsed_time
,SUBSTRING(st.text, (qs.statement_start_offset/2) + 1,
((CASE statement_end_offset
WHEN -1 THEN DATALENGTH(st.text)
ELSE qs.statement_end_offset END
- qs.statement_start_offset)/2) + 1) AS statement_text
FROM sys.dm_exec_query_stats AS qs
CROSS APPLY sys.dm_exec_sql_text(qs.sql_handle) st
ORDER BY total_elapsed_time / execution_count DESC;