Isso pode ser feito em um único comando. Você precisa definir a propriedade IDENTITY para "número automático":
ALTER TABLE MyTable ADD mytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1) PRIMARY KEY
Mais precisamente, para definir uma restrição de nível de tabela nomeada:
ALTER TABLE MyTable
ADD MytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1),
CONSTRAINT PK_MyTable PRIMARY KEY CLUSTERED (MyTableID)
Veja ALTER TABLE e IDENTITY no MSDN