Veja como você pode desabilitar/habilitar índices no SQL Server:
--Disable Index ALTER INDEX [IX_Users_UserID] SalesDB.Users DISABLE
GO
--Enable Index ALTER INDEX [IX_Users_UserID] SalesDB.Users REBUILD
Aqui estão alguns recursos para ajudá-lo a encontrar uma solução:
Algumas comparações de velocidade de carregamento em massa
Use SqlBulkCopy para carregar dados rapidamente do seu cliente para o SQL Server
Otimizando o desempenho da cópia em massa
Definitivamente, olhe para as opções NOCHECK e TABLOCK:
Dicas de tabela (Transact-SQL)
INSERT (Transact-SQL)