Se você excluir o arquivo DB, ele ainda permanecerá registrado com SqlLocalDB. Às vezes, ele corrige para excluir o banco de dados. Você pode fazer isso na linha de comando.

1. Abra o "Developer Command Propmpt for VisualStudio" no menu iniciar/programas.
2. 
   Execute os seguintes comandos:
   
   sqllocaldb.exe stop v11.0

sqllocaldb.exe delete v11.0