mesmo problema. era problema de permissão.
shell exec do php:
'mysql --user=root --password=zxc db < /stuff.sql'
coisas.sql
LOAD DATA LOCAL INFILE '/stuff.csv' INTO TABLE `stuff` FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n'
Erros com pacotes malformados.
Solução:
chmod 777 /stuff.csv
O PHP está sendo executado em seu próprio nível de permissão e o mysql não está obtendo acesso de leitura ao stuff.csv
Você recebe um cookie se odeia
chmod 777 
