Consultas de longa duração são um sinal de design ruim. É melhor inspecionar as consultas em questão e como elas podem ser otimizadas. Isso seria apenas ignorar o problema.

Se ainda quiser isso, você pode usar o comando SHOW PROCESSESLIST para obter todos os processos em execução. E então use KILL x para matar uma conexão de cliente. Mas para que isso funcione, você precisa verificar isso em outro script PHP, pois o multithreading ainda não é possível. Também não é aconselhável dar aos usuários utilizados pelo PHP concessões para mexer nas configurações do servidor.