Existe até uma maneira simples de obter o resultado escrevendo esta consulta
SET @newid=0;
UPDATE tablename SET primary_key_id=(@newid:example@sqldat.com+1) ORDER BY primary_key_id;
Esta consulta irá reindexar a chave primária a partir de
1 SET @newid=0;
UPDATE tablename SET primary_key_id=(@newid:example@sqldat.com+1) ORDER BY primary_key_id;
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