Se o seu arquivo for realmente um arquivo csv com campos separados por vírgula, você deve especificar o separador de campo.
LOAD DATA INFILE '$file' INTO TABLE $tbl_name FIELDS TERMINATED BY ','
Se você não indicar o separador de campo, o mysql considera o separador de campo como tab (\t).
Caso o arquivo seja criado com retorno de carro, monstly aplicativos windows fazem isso, você também precisa adicionar no final da instrução:
LINES TERMINATED BY '\r\n'
