Quando execute() retorna verdadeiro significa que a declaração foi "bem-sucedida", mas não significa que mudou alguma coisa. Significa apenas que não houve erro.

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  Ele pode ter correspondido a zero linhas devido a condições na cláusula WHERE. Isso ainda é considerado um "sucesso". Você pode tentar um SELECT com a mesma cláusula WHERE e buscar os resultados, para confirmar que corresponde às linhas.
  
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  Ele pode ter correspondido a uma ou mais linhas, mas os valores que você está configurando já são os valores dessas linhas. Você pode chamar $sth->rowCount() depois de executar, para descobrir quantas linhas o UPDATE afetou (isso pode ser menor que o número de linhas correspondentes).
  
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  Se você tiver mais de uma cópia dessa tabela, verifique novamente se a alteração foi feita no banco de dados que está lendo. Isso acontece comigo às vezes - eu esqueço de alterar um arquivo de configuração de aplicativo e não percebo que estou atualizando o banco de dados errado.
  

Esse acabou sendo o problema -- uma variação do terceiro ponto:

• Se você trabalha em mais de um servidor, verifique também se está verificando as alterações no servidor mysql correto.