Limitar o número de linhas é uma ótima maneira de acelerar o preenchimento automático. Não estou claro sobre por que você limitaria a 1.000 linhas:você não pode mostrar 1.000 entradas em uma lista suspensa; você não deveria limitar a talvez 10 entradas?
Com base em seus comentários abaixo, aqui está um exemplo de consulta de banco de dados que você deve poder adaptar à sua situação:
String queryString = "select distinct b.title from Books b where b.title like ':userValue'";
Query query = entityManager.createQuery(queryString);
query.setParameter("userValue", userValue + "%");
query.setMaxResults(20);
List<String> results = query.getResultList();
