Isso é uma dor por causa das múltiplas hierarquias. Eu sugeriria:
SELECT c.id, ch.charge_amount, ch.taxes_amount
FROM Customer c LEFT JOIN
(SELECT ch.customer_id, SUM(ch.amount) as charge_amount,
SUM(t.taxes_amount) as taxes_amount
FROM Charges ch LEFT JOIN
(SELECT t.charge_id, SUM(t.amounts) as taxes_amount
FROM taxes t
GROUP BY t.charge_id
) t
ON t.charge_id = ch.id
GROUP BY ch.customer_id
) ch
ON ch.customer_id = c.id;
Você não poderá corrigir isso sem subconsultas de um formulário ou de outro, se houver várias cobranças para um cliente ou vários impostos em uma cobrança.