Não é um atalho de teclado.

A única opção é abrir outra sessão, use SHOW PROCESSLIST e então KILL QUERY aquele que você deseja encerrar.

Você também pode usar o mysqladmin ferramenta de linha de comando para emitir esses comandos.

De qualquer forma, requer que você faça o login. Portanto, não há muita vantagem sobre apenas pressionar Ctrl-C.