Depende de como você usa seu banco de dados, jdbc direto, hibernação, ... Mas basicamente você tem que fazer o seguinte:

• criar uma entidade (e tabela ) para manter o blob.
• não use BLOB no MySQL é muito pequeno, melhor LONGBLOB.
• crie um java.sql.Blob do arquivo, geralmente você precisa obter um fluxo de entrada do arquivo.
• anexar blob à entidade de hibernação, parâmetro de consulta, ...
• persistir.

Prefiro armazenar arquivos em uma entidade/tabela diferente e também armazenar o nome do arquivo, tamanho, tipo MIME, data, ... Esses atributos serão úteis mais tarde.

Use um relacionamento 1:1 por 1:N entre a entidade que possui o arquivo e a entidade do arquivo.

Espero que ajude!