Você terminou a consulta inteira? Tente definir um delimitador , e use-o após o END para que o servidor saiba que você concluiu o comando.
delimiter //
CREATE PROCEDURE fill_points(
IN size INT(10)
)
BEGIN
DECLARE i DOUBLE(10,1) DEFAULT size;
DECLARE lon FLOAT(7,4);
DECLARE lat FLOAT(6,4);
DECLARE position VARCHAR(100);
-- Deleting all.
DELETE FROM Points;
WHILE i > 0 DO
SET lon = RAND() * 360 - 180;
SET lat = RAND() * 180 - 90;
SET position = CONCAT( 'POINT(', lon, ' ', lat, ')' );
INSERT INTO Points(name, location) VALUES ( CONCAT('name_', i), GeomFromText(position) );
SET i = i - 1;
END WHILE;
END //
delimiter ;
Além disso, por
Enquanto
DELETE FROM TABLE remove todos os dados da tabela, TRUNCATE table faz isso mais rápido. A menos que você tenha boas razões para usar DELETE (existem), TRUNCATE pode ser o que você quer. 
