CSV não tem conceito de "Nulos". É impossível diferenciar entre um campo que é nulo e um campo que tem um valor legitimamente vazio (por exemplo, uma string vazia). Você terá que massagear as linhas à medida que as carrega antes da inserção da consulta, para substituir quaisquer 'strings vazias' por NULLs apropriados
por exemplo.
$row = fgetcsv(...);
$row[0] = 'NULL';
