Primeiro problema
Você está tentando executar o comando
mysqld_safe , então esse comando deve estar no PATH onde o terminal procura por comandos. (Você pode ver esses locais executando echo $PATH . Os diferentes locais são separados por dois pontos). Como você está tentando executar um arquivo que está no diretório local, digite
./mysqld_safe para informar ao shell que você está fornecendo um caminho para o arquivo, caso contrário, ele o procurará no PATH . (Você pode executar o arquivo de qualquer lugar especificando o caminho completo). Outra solução é fazer um link simbólico em
/usr/local/bin/ que aponta para /usr/local/mysql/mysqld_safe` (que é o caminho para o comando se eu entendi corretamente). Dessa forma, você pode executar o comando de qualquer lugar porque está no caminho que o shell está procurando. Segundo problema
O
cat comando cercado por acentos graves é executado pelo shell antes executando o comando sudo (se o arquivo for legível para todos, o shell executará algo como:sudo kill 12345 ). Para executar o
cat como root você deve executar este comando:sudo bash -c 'kill `cat /usr/local/mysql/data/rodongi.pid`'
Dessa forma, você executa o bash como root, que por sua vez executa o
kill comando e, portanto, lê o rodongi.pid arquivo como root. 
