Você pode atribuir id por si mesmo:
import pandas as pd
df['ID'] = pd.read_sql_query('select ifnull(max(id),0)+1 from db_table',cnx).iloc[0,0]+range(len(df))
onde cnx é sua conexão e, em seguida, faça o upload do seu df.
import pandas as pd
df['ID'] = pd.read_sql_query('select ifnull(max(id),0)+1 from db_table',cnx).iloc[0,0]+range(len(df))
