Eu percebo que esta pergunta é bastante antiga agora, mas não foi respondida.
Eu diria que o construtor de esquema Laravel é mais por conveniência e compatibilidade entre plataformas, em vez de desempenho.
Se você deseja otimizar
ALTER
consultas, sugiro usar o DB
fachada e escrever SQL bruto. Schema::table('table', function (Blueprint $table) {
DB::statement('ALTER TABLE table DROP COLUMN a, DROP COLUMN a;');
});