Não há nada de errado com seus logs.
Uma instância mysqli ativa não significa que haja uma conexão mysql ativa . Ao contrário do PDO, você pode fechar a conexão mysql, mas tem um objeto mysqli. Então a mensagem de erro diz:
mysqli_report(MYSQLI_REPORT_ERROR | MYSQLI_REPORT_STRICT);
$conn = new mysqli('localhost','root','','test');
$conn->query("SELECT 1");
$conn->close();
var_dump(get_class($conn));
$conn->query("SELECT 1");
lhe dará a saída esperada:
Você precisa encontrar o local onde seu código está fechando a conexão e corrigi-lo.
