Você não pode executar o comando MySQL ou PHP dentro do javascript, o que você pode fazer é criar uma função PHP que você pode chamar pelo Ajax. A melhor maneira é usar jQuery ou redirecionando a página com sua função PHP na URL.
<script type="text/javascript">
if (confirm("This seems to be Duplicate. Do you want to continue ?"))
{
$.ajax({
url: 'your_path_to_php_function.php',
type: 'POST', // Or any HTTP method you like
data: {data: 'any_external_data'}
})
.done(function( data ) {
// do_something()
});
}
else
{
window.location = 'your_url?yourspecialtag=true'
}
</script>
