PHP MySQL PDO TextArea Where cláusula com verificações de condição

Acabei de perceber que você tem o código de trabalho exibido acima. Me desculpe por dar respostas antes (veja o histórico se você quiser) que já estão lá acima (*haha). Aqui, atualizei o código do seu (o primeiro). Eu mudei a parte onde você exibe o resultado:

try {
        $conn = new PDO("mysql:host=$host;dbname=$dbname", $username, $password);
        if(isset($_POST["busnumber"]) && isset($_POST["busroute"])){
            $stops = explode(PHP_EOL, $_POST["busroute"]);
            $stopsArray = '"' . implode('","', $stops) . '"';

            $sql = "SELECT * FROM stops WHERE stop_name IN ($stopsArray)";
            $query = $conn->prepare($sql);
            $query->execute();

            if ($query->rowCount() > 0){
                while ($row = $query->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)){
                    echo '<br/>'.$row['stop_id'].' '.$row['stop_name'];
                }
            }else{
                echo "No records found...";
            }
        }
} catch (PDOException $pe) {
    die("Could not connect to the database $dbname :" . $pe->getMessage());
}

Observação: Como eu li alguns tutoriais, usar while loop é convencional do que fetchAll() .