Você terá que formatar a string depois de ler o nome da tabela, algo como:
static String queryCreateTable = "CREATE TABLE {0}" +
"(ID INTEGER not NULL ," +
"BRAND VARCHAR(40)," +
"MODEL VARCHAR(40)," +
"YEAR INTEGER not NULL," +
"NOVELTY BINARY," +
"PRIMARY KEY ( ID ))";
então crie como:
newNameOfTable = JOptionPane.showInputDialog("Connected for saving data. " +
"Input name of new table:");
statement = connection.createStatement();
statement.execute(MessageFormat.format(queryCreateTable, newNameOfTable));