A confirmação automática não o ajudará aqui, start transaction o sobrepõe.

As transações pendentes serão revertidas assim que a conexão expirar OU o cliente se reconectar, o que ocorrer primeiro.
Não há como confirmar uma transação pendente, a única opção possível é um rollback.

Se você quiser entender a saída de status do InnoDB, consulte:
http://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/17/show-innodb-status-walk-through/