Se a tabela email_data_test for MyISAM e estiver bloqueada, isso atrasaria o INSERT.

Se a tabela email_data_test for InnoDB, muitos dados MVCC estavam sendo gravados em ib_logfiles, o que pode não ter ocorrido ainda.

Em ambos os casos, você fez a cláusula LIMIT rolar por 4.480.000 linhas apenas para chegar a 10.000 linhas que você realmente precisava para INSERT.

Matar a consulta apenas faz com que a tabela do InnoDB email_data_inno_stage execute uma reversão.