A configuração de privacidade (pública ou não listada) é necessária apenas para um FusionTableLayer.
Você pode usar 2 tabelas:1 FusionTable (pública ou não listada) para armazenar a geometria e plotar os marcadores, e uma 2ª tabela (privada) onde você armazena os dados confidenciais. Use uma chave comum para as linhas, assim você poderá solicitar os dados confidenciais da tabela nº 2 com base na chave retornada pela tabela nº 1.
O tipo de tabela que você usa para a tabela # 2 depende de você, os dados em uma FusionTable privada são acessíveis após a autenticação, mas eu preferiria meu próprio (mySQL)DB para dados confidenciais (acontece comigo que os dados de um FT eram acessíveis via FT-API, embora a opção de download estivesse desabilitada, então eu não confiaria muito na segurança - observe que FusionTables ainda são experimentais).