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mysql como obter o 2º valor mais alto com group by e em uma junção à esquerda


Primeiro, você não precisa de uma terceira junção. Você pode fazer seu cálculo em uma junção:
from (select id
      from owner
      where date_format(auction_date,'%Y-%m-%d %H:%i:00') = date_format(NOW(),'%Y-%m-%d %H:%i:00')
     ) as a left join
     (select owner_id, max(nb) as maxbid, max(mb) as maxautobi
      from auction
      group by owner_id
     ) b
     on a.id=b.owner_id;

Obtendo o segundo maior valor para mb então usa um truque, envolvendo substring_index() e group_concat() :
   from (select id
          from owner
          where date_format(auction_date,'%Y-%m-%d %H:%i:00') = date_format(NOW(),'%Y-%m-%d %H:%i:00')
         ) as a left join
         (select owner_id, max(nb) as maxbid, max(mb) as maxautobi,
                 substring_index(substring_index(group_concat(mb order by mb desc), ',', 2), ',', -1
                                ) as second_mb
          from auction
          group by owner_id
         ) b
         on a.id=b.owner_id;

A ideia é concatenar os valores juntos, ordenando por mb . Em seguida, pegue o segundo elemento da lista. A única desvantagem é que o valor é convertido em uma cadeia de caracteres, mesmo quando começa como um número.