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Como processar CSV com mais de 100k linhas em PHP?


Algo assim (observe que isso é 100% não testado e pode precisar de alguns ajustes para realmente funcionar :))
//define array may (probably better ways of doing this
$stocks = array(
    1  => 22,
    2  => 23,
    3  => 24,
    4  => 25,
    5  => 26,
    6  => 27,
    7  => 28,
    8  => 29,
    9  => 30,
    10 => 31
);

$handle = fopen("file.csv", "r")); //open file
while (($data = fgetcsv($handle, 1000, ";")) !== FALSE) {
    //loop through csv

    $updatesql = "UPDATE t SET `value` = ".$data[2]." WHERE   fielddef_id = ".$stocks[$data[0]]." AND product_id = ".$data[1];
   echo "$updatesql<br>";//for debug only comment out on live
}

Não há necessidade de fazer sua seleção inicial, pois você só está definindo os dados do produto como 1 de qualquer maneira em seu código e parece de sua descrição que os IDs do produto estão sempre corretos, apenas sua coluna fielddef que tem o mapa.

Também apenas para live não se esqueça de colocar seu comando mysqli execute real em seu $updatesql;

Para lhe dar uma comparação com o código de uso real (eu posso comparar!) Este é um código que uso para um importador de um arquivo carregado (não é perfeito, mas faz seu trabalho)
if (isset($_POST['action']) && $_POST['action']=="beginimport") {
            echo "<h4>Starting Import</h4><br />";
            // Ignore user abort and expand time limit 
            //ignore_user_abort(true);
            set_time_limit(60);
                if (($handle = fopen($_FILES['clientimport']['tmp_name'], "r")) !== FALSE) {
                    $row = 0;
                    //defaults 
                    $sitetype = 3;
                    $sitestatus = 1;
                    $startdate = "2013-01-01 00:00:00";
                    $enddate = "2013-12-31 23:59:59";
                    $createdby = 1;
                    //loop and insert
                    while (($data = fgetcsv($handle, 10000, ",")) !== FALSE) {  // loop through each line of CSV. Returns array of that line each time so we can hard reference it if we want.
                        if ($row>0) {
                            if (strlen($data[1])>0) {
                                $clientshortcode = mysqli_real_escape_string($db->mysqli,trim(stripslashes($data[0])));
                                $sitename = mysqli_real_escape_string($db->mysqli,trim(stripslashes($data[0]))." ".trim(stripslashes($data[1])));
                                $address = mysqli_real_escape_string($db->mysqli,trim(stripslashes($data[1])).",".trim(stripslashes($data[2])).",".trim(stripslashes($data[3])));
                                $postcode = mysqli_real_escape_string($db->mysqli,trim(stripslashes($data[4])));
                                //look up client ID
                                $client = $db->queryUniqueObject("SELECT ID FROM tblclients WHERE ShortCode='$clientshortcode'",ENABLE_DEBUG);

                                if ($client->ID>0 && is_numeric($client->ID)) {
                                    //got client ID so now check if site already exists we can trust the site name here since we only care about double matching against already imported sites.
                                    $sitecount = $db->countOf("tblsites","SiteName='$sitename'");
                                    if ($sitecount>0) {
                                        //site exists
                                        echo "<strong style=\"color:orange;\">SITE $sitename ALREADY EXISTS SKIPPING</strong><br />";
                                    } else {
                                        //site doesn't exist so do import
                                        $db->execute("INSERT INTO tblsites (SiteName,SiteAddress,SitePostcode,SiteType,SiteStatus,CreatedBy,StartDate,EndDate,CompanyID) VALUES 
                                        ('$sitename','$address','$postcode',$sitetype,$sitestatus,$createdby,'$startdate','$enddate',".$client->ID.")",ENABLE_DEBUG);
                                        echo "IMPORTED - ".$data[0]." - ".$data[1]."<br />";
                                    }
                                } else {
                                    echo "<strong style=\"color:red;\">CLIENT $clientshortcode NOT FOUND PLEASE ENTER AND RE-IMPORT</strong><br />";
                                }
                                fcflush();
                                set_time_limit(60); // reset timer on loop
                            }
                        } else {
                            $row++;
                        }
                    } 
                    echo "<br />COMPLETED<br />";
                }
                fclose($handle);
                unlink($_FILES['clientimport']['tmp_name']);
            echo "All Imports finished do not reload this page";
        }

Isso importou 150 mil linhas em cerca de 10 segundos