Como excluir dados mysql da tabela à meia-noite?

Implementar seu próprio agendador de eventos, especialmente como uma página da Web usando JavaScript, é uma má ideia. Use para isso também

um cron job para executar DELETE instrução através da interface de linha de comando mysql

    /path/to/mysql -u<user> -p"<password>" <db_name> -e "delete from messages"

     CREATE EVENT delete_messages_at_midnight 
     ON SCHEDULE EVERY 1 DAY STARTS CURDATE() + INTERVAL 1 DAY
     DO DELETE FROM messages;

Se você for com a abordagem de evento do MySQL:

use SHOW PROCESSLIST para verificar se o agendador de eventos está habilitado. Se estiver ATIVADO, você deverá ver um processo "Daemon " pelo usuário "event_scheduler ".
use SET GLOBAL event_scheduler = ON; para ativar o agendador se ele não estiver ativado no momento.
Mais sobre como configurar o agendador de eventos leia aqui