Eu acho que a solução é fazer disso um gatilho antes e atualizar o registro que está sendo inserido antes da inserção.
Então
CREATE
/*!50017 DEFINER = 'admin'@'%' */
TRIGGER `trigger_liability_detail_after_insert` BEFORE INSERT ON `liability_detail`
FOR EACH ROW BEGIN
DECLARE SortOrder INT;
IF NEW.liability_category_id = 1 OR NEW.liability_category_id = 2 THEN
SET NEW.seq = 1 + IFNULL((SELECT MAX(seq) FROM liability_detail WHERE analysis_id = new.analysis_id AND liability_category_id IN (1, 2)), 0);
END IF;
END;
$$
Foi um copiar/colar rápido, mas deve ser algo nesse sentido.
