Parece que você está usando uma consulta sem buffer no MySQL .

Se for assim, você terá que ativar o buffer ou interromper a execução da consulta anterior que parece travar?

Algo como $query->close()

EDITAR:

Se $query é uma instância de StatementInterface , então existe getResource() que retorna mysqli_stmt e você pode chamar close() nele.

EDIT2:(para incorporar a resolução final)

Caso use PDO, você pode obter PDOStatement e chame closeCursor()